虽然总理和商务部官员一再表示，自贸区没有税收优惠，不是政策洼地，但也不否认此前在这些新区和特区施行的税收优惠政策仍将继续实行，也就是说在自贸区开办企业除能享受到制度创新带来的便利外，也是能享受到同等条件下的税收优惠。

   区内企业都能享受的五条优惠政策
   对注册在试验区内的企业或个人股东，因非货币性资产对外投资等资产重组行为而产生的资产评估增值部分，可在不超过5年期限内，分期缴纳所得税。

   对科技创新创业企业转化科技成果，以股份或出资比例等股权形式给予本企业相关技术人员的奖励，技术人员一次缴纳税款有困难的，经主管税务机关审核，可分期缴纳个人所得税，但最长不得超过5年。

   对设在试验区内的企业生产、加工并经“二线”销往内地的货物照章征收进口环节增值税、消费税。根据企业申请，试行对该内销货物按其对应进口料件或按实际报验状态征收关税的政策。

   对试验区内注册的国内租赁公司或其设立的项目子公司，经国家有关部门批准从境外购买空载重量在25吨以上并租赁给国内航空公司使用的飞机，享受规定的增值税优惠政策。

   在现行政策框架下，对试验区内生产企业和生产性服务业企业进口所需的机器、设备等货物予以免税，但生活性服务业等企业进口的货物以及法律、行政法规和相关规定明确不予免税的货物除外。

   融资租赁行业
   经中国人民银行、银监会或者商务部批准从事融资租赁业务的试点纳税人，提供有形动产融资性售后回租服务，以收取的全部价款和价外费用，扣除向承租方收取的有形动产价款本金，以及对外支付的借款利息(包括外汇借款和人民币借款利息)、发行债券利息后的余额为销售额。

   从事融资租赁业务的纳税人，提供除融资性售后回租以外的有形动产融资租赁服务，以收取的全部价款和价外费用，扣除支付的借款利息(包括外汇借款和人民币借款利息)、发行债券利息、保险费、安装费和车辆购置税后的余额为销售额。

   试点纳税人中的一般纳税人，提供有形动产融资租赁服务，在2015年12月31日前，对其增值税实际税负超过3%的部分实行增值税即征即退政策。

   从事融资租赁业务的试点纳税人，实收资本达到1.7亿元的，从达到该标准的次月起，按照上述增值税差额征税和即征即退执行。

   对融资租赁企业、金融租赁公司及其设立的项目子公司，以融资租赁方式租赁给境外承租人且租赁期限在5年(含)以上，并向海关报关后实际离境的货物，试行增值税、消费税出口退税政策。

   对融资租赁出租方购买的，并以融资租赁方式租赁给境内列名海上石油天然气开采企业且租赁期限在5年(含)以上的国内生产企业生产的海洋工程结构物，视同出口，试行增值税、消费税出口退税政策。

   天津自贸区特有优惠政策
   2015年12月31日前，对注册在东疆保税港区内的试点纳税人，提供的国内货物运输服务、仓储服务和装卸搬运服务实行增值税即征即退政策。

   对列入重点培育对象的科技型中小企业，上年度营业收入增长超过50%的，经认定，企业中年薪（税前）超15万元、担任企业关键职务（如副总经理及研发中心主任级别以上）、签订有5年以上劳动合同的高级管理人才和高级技术人才，予以当年个人所得税地方留成部分50%比例的奖励。
  

   广东自贸区特有优惠政策
   2012年，深圳出台《前海深港现代服务业合作区境外高端人才和紧缺人才个人所得税财政补贴暂行办法》，符合条件者，在前海缴纳的工资薪金个人所得税已纳税额超过应纳税额15%的部分，由市政府给予财政补贴，税收优惠只有前海和横琴作为对接港澳的区域才具有。

   前海产业目录内符合条件的企业可享受减按15%的税率征收企业所得税，物流企业享受按差额征收营业税的政策。

   前海允许取得香港执业资格的专业人士直接为前海企业和居民提供专业服务。允许取得中国注册会计师资格的香港专业人士担任内地会计师事务所合伙人，在前海先行先试。

   福建自贸区特有优惠政策
   对从境外进入平潭与生产有关的给予免税的货物包括：区内生产性的基础设施建设项目所需的机器、设备和建设生产厂房、仓储设施所需的基建物资；区内生产企业运营所需的机器、设备、模具及其维修用零配件；区内从事研发设计、检测维修、物流、服务外包等企业进口所需的机器、设备等货物。

   在福建，小微企业中的A级企业，可以享受最高授信200万元的无担保无抵押贷款，目前银行已发放贷款6000万元。